Główne wejście do części podziemnej znajduje się od strony ul. Krakowskie Przedmieście
pod tarasem zlokalizowanym przed fasadą górnej świątyni, zaś dwa boczne wejścia zlokalizowane
są w kościele górnym. W 1898 roku wejście zostało ozdobione portalem proj. S. Szyllera nad
którym umieszczono napis "Sursum Corda" i figurę Chrystusa z Krzyżem (proj. P. Weloński).[1]
Kościół dolny położony jest pod prezbiterium oraz transeptem kościoła górnego. Krypty stanowiące
korytarz wejściowy do kościoła dolnego zlokalizowane są natomiast pod nawę główną.
     Wnętrze zostało wyposażone w trzy ołtarze, w których obrazy zastąpiono drewnianymi
rzeźbami ich patronów: Jezusa Ukrzyżowanego (ołtarz główny), Matki Boskiej Bolesnej (ołtarz
boczny), św. Marii Magdaleny (ołtarz boczny). Ściany przy głównym ołtarzu zostały ozdobione
malowidłami przedstawiającymi Mękę Pańsk4] z których środkowy
(główny) jest znacznie szerszy od dwóch bocznych. W ścianach bocznych umieszczono okna (po
trzy w każdej ze ścian).

W kościele oraz w katakumbach zostali pochowani m.in.:
- Mikołaj Bartłomiej Tarło (zm. 1715) - budowniczy obecnego kościoła i proboszcz
parafii św. Krzyża, biskup poznański (inicjały M.B. [brak pełnego imienia i nazwiska],
napisy w języku łacińskim informujące o dacie śmierci, płaskorzeźbiony herb Topór
Tarłów zwieńczony herbem biskupim)
- Piotr Tarło (zm. 1722) - biskup inflandzki i poznański (nagrobek czworoboczny
zwieńczony łukiem odcinkowym, inicjały P.T. [brak pełnego imienia i nazwiska], napisy
w języku łacińskim informujące o dacie śmierci, płaskorzeźbiony herb Topór Tarłów
zwieńczony herbem biskupim
- Michał Stefan Radziejowski (zm. 1705) - Prymas Polski (pochowany w podstawie
późnobarokowego pomnika z l. 1719-22, proj. C. A. Bai przy ołtarzu św. Felicissimy, ob.
Najświętszego Sakramentu, w kościele górnym)
- August Aleksander Czartoryski (zm. 1782) - wojewoda ruski - tablica czworoboczna,
litery stylizowane, napis na tablicy: "August Alexander na Klewaniu y, Zukowie Xiąże
Czartoryski Wojewoda, y Gener: Ziem Rus: Generał Lielt, Wojsk Koron: Szeff Regi:
Gwardyi, Pieszej Koronney I Król: Mei y Rzp, tey Orderów Orła Białego Sgo., Jędrzeja,
Sgo Stanisława y innych., Kawaler: Syn Kazimierza na Klewa-, niu y Zukowie Xię:
Czartoryskiego, y Izabelli Morsztynowney Podskarbian-, ki Wiel: Koron: Narodzony w R
1697, 9 listopada umarł w R. 1782"
- Jan Jerzy Flemming (zm.1771) - wojewoda pomorski
- Piotr Des Noyers (zm. 1693) - sekretarz i podskarbi Marii Ludwiki (tablica
czworoboczna, zwieńczona łukiem odcinkowym, napisy w języku łacińskim, w górnej
części herb rodziny Des Noyers)
- ks. Piotr Śliwicki (zm. 1775) - wizytator polskiej prowincji Misjonarzy )pochowany pod
ołtarzem Św. Wincentego)
- Ludwika z Roztworowskich Potkańska (zm. 1817) - podkomorzyna sandomierska
- Zofia z Matuszewiczów Kicka (zm. 1822) - córka Ministra Skarbu i kasztelana Tadeusza
Matuszewicza i Marianny Przebendowskiej. Napis na tablicy: "Z Cnót, Przymiotów
Znaney, w Kwiecie życia zgasłey, Zofij Kickiey, Nieodzałowaney Zonie, Ten Zalu i
Wdzięczności Pomnik, poświęcił, Mąz nieutulony." Druga tablica wspólna z Teresą
Czartoryską.
- Walenty Sobolewski (zm. 1831) - prezes Rady Administracyjnej Królestwa Polskiego
(klasycystyczna tablica pamiątkowa w kościele górnym)
- Maria de la Grange d'Arquien (zm. 1735) - małżonka Jana Wielopolskiego kanclerza
wielkiego koronnego, siostra Maria Kazimiera Sobieskiej
- Jan Chrzciciel Czempiński (zm. 1786) - doktor medycyny
- Stanisław Małachowski (zm. 1809) - marszałek Sejmu Czteroletniego, referendarz
wielki koronny[6] - Napis na nagrobku: "Stanisławowi Małachowskiemu, Marszałkowi
Trybunału Koronnego, Marszałkowi pamiętnego Sejmu 3-go Maja, Prezesowi Senatu
Księstwa Warszawskiego, Troskliwemu dos Poddanych Panu, Opiekunowi Miast wzorowi
prawych, Obywateli, pełnemu lat, zasług i nieskażoney, cnoty tę skromną uczczenia
pamiątkę, iedna z familii poświęca, Zmarłemu dnia 29 grudnia Roku 1809" - litery
stylizowane
- Gabriel Piotr Baudoin (zm. 1768) - francuski ksiądz, misjonarz ze Zgromadzenia św.
Wincentego á Paulo, profesor filozofii i teologii, działacz charytatywny, założyciel
najstarszego w Polsce Domu Małych Dzieci (pochowany pod ołtarzem Św. Wincentego,
tablica pamiątkowa w kościele górnym)
- Tadeusz Dembowski (zm. 1806) - Minister Skarbu.
- ks. Lambert aux Couteaux - superior pierwszej grupy misjonarzy przybyłych do
Warszawy
- Izabela Elżbieta z Morsztynów Czartoryska (zm. 24.II.1756 r.) - żona Kazimierza
Czartoryskiego; w 1736 założyła w Warszawie pierwszy salon polityczny (nagrobek
barokowy, częściowo zniszczony, napisy w języku łacińskim, zwieńczony owalnym
medalionem z koroną i wolutowymi spływami, w dolnej części płaskorzeźbiona czaszka)
- Maria z Zawiszów Michałowa Księżna Radziwiłłowa (zm. 6. VI. 1930 r) - fundatorka
Bazyliki Serca Jezusowego na Pradze, działaczka filantropijna (tablica czworoboczna,
zwieńczona łukiem odcinkowym)
- Maria Magdalena z Raczyńskich Księżna Lubomirska (5. XI. 1847) "Wdowa po
Michale Xięciu Lubomirskim, Generale Lejtancie dawnych Wojsk Polskich, zmarła w
Warszawie d. 5 Listopada MDCCCXLVII. Głaz ten pamięci najlepszej z Matek Syn
położył" - (tablica czworoboczna, zwieńczona łukiem odcinkowym, w górnej części
grawerowane tablice herbowe z herbami Nałęcz - Raczyńskich i Szreniawa bez Krzyża -
Lubomirskich, litery stylizowane)
- Maria Lubomirska (zm. 27.IV.1923) - "córka Jana Tadeusza (Lubomirskiego
przyp.autora) i Marii z Zamoyskich" - - (tablica czworoboczna, zwieńczona łukiem
odcinkowym)
- Maria z Zamoyskich Lubomirska (zm. 23.XII.1922), żona Jana Tadeusza
Lubomirskiego) - tablica czworoboczna.
- Jan Tadeusz Książe Lubomirski (zm. 7.IV.1908) - działacz społeczny, historyk, badacz
społeczno-gospodarczej historii Polski. - (tablica pięcioboczna)
- Maria Kazimiera Lubomirska (zm. 2.III.1852) - "Jedynaczka Eugeniusza i Krystyny
Xiążąt Lubomirskich" - tablica czworoboczna zwieńczona łukiem odcinkowym, liczne
pęknięcia )
- Matylda Amelia Łuskina (zm. 6.III.1850) - tablica czworoboczna zwieńczona łukiem
odcinkowym
- Andrzej Zamoyski (19.X.1874) - "Syn Stanisława Ordynata Zamoyskiego i Zofii z
Xiążąt Czartoryskich, Oficer Wojsk Polskich w 1831, Dobrze zasłużony Ojczyźnie, Zmarł
na wygnianiu, Śmiertelne szczątki sprowadzono, i tu spoczęły dnia 22.X1923, Wieczny
Odpoczynek racz Mu dać Panie."
- Róża z Potockich (Andrzejowa) Zamoyska (zm. 27.X.1862), żona Andrzeja Artura
Zamoyskiego.
- Adam Keller (zm. 1882) - inspektor poczt Królestwa Polskiego - na dole tablicy
grawerowany herb Gryf - Kellerów.
- fragment nagrobka z grawerowanym herbem Topór i inicjałami: H. (imię ?) z T.
(nazwisko panieńskie ?) G. (nazwisko męża ?), na dole data śmierci DIE 25 Octobris 1725
- fragment nagrobka księdza (brak nazwiska i imienia) - "Doktor Św. Teologii i [...],
Arcybiskup Tytularn [...], Kapituły Metropoli [...], Sądu Arcybiskupi [...]
- Bolesław Mościcki (zm. 18.II.1918 ) - "Pułkownik, Dowódca i Szef 1 Pułku Ułanów,
Krachowieckich, Poległ Śmiercią Bohaterską 18.II.1918 r." - nagrobek współczesny
prostokątny, pod nim piaskowcowy fragment oryginalnego nagrobka z napisami.

nagrobek z herbem Pogoń i datą śmierci A.D. 1692 FEBR. 22. - nagrobek
najprawdopodobniej należy do Michała Jerzego Czartoryskiego (zm. 1692) - wojewoda
sandomierski[7], zachowane ślady kolorów herbu
- nagrobek z herbem Pogoń i datą śmierci 1747 najprawdopodobniej należący do
Stanisława ks. Czartoryskiego (zmarł jako 7 letnie dziecko), syna Augusta Aleksandra ks.
Czartoryski
- nagrobek z herbem Pogoń, inicjałami i datą śmierci 1695
- nagrobek z herbem Rawicz, prostokątny.
- nagrobek z herbem Grabie, napis łaciński, data śmierci 1699
- nagrobek z herbem Agryppa lub Dębno, inicjałami i data śmierci 1688, zachowane ślady
kolorów tarczy herbowej
- nagrobek z herbem Dąbrowski I lub Dołęga i inicjałami, prostokątny, liczne pęknięcia
- nagrobek z herbem Dąbrowski I lub Dołęga i inicjałami, prostokątny A.K. K.C.
- Maria z Chełmickich Michałowa hr. Stadnicka (zm. 20.VI.1914) - siostra Klara III
Zakonu Św. Franciszka. (tablica prostokątna)
- Karol Franciszek Schmidt (zm. 1769) - starosta brodnicki (tablica prostokatna, napis w
języku łacińskim)
- Anna de Frise (zm. 1785) - żona Karola Franciszka Schmidta, tablica czworoboczna
- Krzysztof de Landuy Boham (zm. 17.IV.1688) - pułkownik (tablica czworoboczna
zwieńczona łukiem odcinkowym, napisy w języku łacińskim)
- Robert Le Roux d'Esneval (zm. 1693) - ambasador Francji w Polsce (tablica
czworoboczna zwieńczona łukiem odcinkowym, napisy w języku łacińskim, w górnej
części płaskorzeźbiony herb rodzinny)
- Girsztowt Polikarp (zm. 12.XI.1877) - chirurg, profesor Akademii Medyko-
Chirurgicznej w Warszawie, organizator i kierownik służby zdrowia w okresie powstania
styczniowego - (tablica czworoboczna, napis informuje: "serce dra P. Girsztowta"
- Jan Kazimierz Kierżgayłło Zawisza (zm. 22.II.1887) i Maria Apolonia Katarzyna z hr.
Kwileckich Janowa Zawiszyna (zm. 5.VI.1910) - tablica zwieńczona płaskorzeźbami z
herbami Łabędź - Zawiszów i Szreniawa - Kwileckich.
- Piotr Bieliński (zm. 6.III.1829) - prezes Sądu Sejmowego Królestwa Kongresowego,
pisarz wielki koronny od 1787, senator-wojewoda Księstwa Warszawskiego i Królestwa
Polskiego - tablica czworoboczna zwieńczona łukiem odcinkowym, w dolnej części
grawerowany herb Szeliga - Bielińskich
- Urszula z Czapskich Małachowska (zm. 9 XII 1782) - pierwsza żona Stanisława
Małachowskiego (tablica prostokatna, stylizowane litery)
- Konstancja z Czapskich Małachowska (zm. 9 III 1791) - druga żona Stanisława
Małachowskiego, siostra Urszuli (tablica prostokątna, stylizowane litery)
- Józefa z Godlewskich Ostrowska (zm. 6.XII.1780) - kasztelanowa czerska, żona Tomasz
Romana Adam hr. Rawita - Ostrowskiego
- Teresa Czartoryska (zm. 1780) - najstarsza córka Izabeli właśc. Elżbiety z Flemmingów
Czartoryskiej, generałówna Ziem Podolskich, zmarła w wieku 15 lat od poparzenia i Zofia
z Matuszewiczów Kicka. Napis na tablicy: "Zofia z Tad: Matuszewicza Min: Skar: K: Pol:,
i Maryanny z Przebendowskich roku 1796 D:, 21 grudnia zrodzona Lud: Kickiego Pół:
Woj:, Pol: od roku 1819 małżonka zpośród zaczętego, ledwie szczęścia domowegow
kwiecie wieku, zpośród łez rodziny i przyjaciół na uwień-, -czenie pełnego cnót zycia w R-u
1822 D: 5-go, listopada do Boga Wezwana, tu, od przysposobioney a nieukojoney w żalu,
Matki Izab. z Fleming: Xię: Czartoryskiey, obok iey corki wspólnym grobie złożona,
spoczywa 1822 list:"
- Maria Zofia z Sieniawskich Czartoryska ( zm. 21.V.1771) - Napis na tablicy: "Marya
Zofia z Sieniawskich niegdy, IO: Adama Mikołaja z Granowa Sie, niawskiego Kasztelana
Krakowskie, go Hetmana W.K., Córka z niegdy, IO: Elżbietą Lubomirską Marszałkow, ną
W.K. Splodzona. Pierwszego Mał, żeństwa niegdy IW. Stanisława, Denhoffa Woiewody
Połockiego H., P. Litt. Powłornego, IO. Xcia Czarto-, ryskiego Wdy Ruskiego małżonka,
Narodzona Roku 1698. D. 15 Kwiet, nia. Zyć przestała 1771. Roku, D. 21. Maja Roku
Swego 73"

Warto ponadto wspomnieć, iż po śmieci księcia Józefa Poniatowskiego w 1813 roku trumna z
jego zwłokami stała w dolnym kościele do 1815 roku. W katakumbach w l. 1978 - 1880
spoczywało serce Fryderyka Chopina przeniesione później do kościoła górnego.
[1] pierwsza figura z 1858 roku proj. A. Pruszyńskiego została przeniesiona do kościoła św.
Macieja Apostoła w Kruszynie.
[2] autor nieznany
[3] filary wykonane z kamienia posiadają przekrój czworoboczny, ścięty (fazki) na krawędziach.
[4] kościół dolny posiada wnętrze halowe, bez naw.
[5] informacje archiwalne wskazują, iż pojedyncze katakumby były tworzone również w ścianach
kościoła.
[6] pomnik nagrobny ze względu na swoje gabaryty i ciężar nie został umieszczony w kościele św.
Krzyża, lecz ustawiony w Katedrze św. Jana, gdzie znajduje się do dzisiaj.
[7] niezgodność daty śmierci co do dnia i miesiąca
[8] zmarła w Republice Południowej Afryki. Przypuszczalnie w krypcie znajduje się tylko tablica
pamiątkowa.
[9] zmarł najprawdopodobniej jako niemowlę.

a w latach 80 w dolnym kościele odbywały się msze dla dzieci i czasem lekcje religii